Os ecossistemas brasileiros estão condicionados por perturbações antrópicas crônicas, como resultado de um processo de ocupação agrícola desordenada, caracterizado pela ausência de planejamento ambiental da abertura e consolidação da propriedade rural, historicamente amparada em incentivos governamentais e mais recentemente sustentada nas alterações propostas para o Código Florestal. Nesse cenário é cada mais premente a adequação das ações de manejo dos fragmentos florestais remanescentes, visando a conservação e restauração da biodiversidade remanescente, e das ações de restauração dos alguns ambientes da propriedade rural, que foram inadequadamente disponibilizados para atividades agrícola, em função de restrições legais ou mesmo ambientais, que restringem sua aptidão agrícola. Dentro desse contexto histórico da realidade agrícola brasileira e considerando a necessidade incondicional de adequação ambiental da produção agrícola brasileira, dada a exigência atual de mercado, é premente a viabilização técnica e econômica das iniciativas de restauração ecológica dos ambientes degradadas da propriedade rural, para garantir sua aplicação em larga escala. Dessa forma, como essas técnicas precisam ser testadas e legitimadas cientificamente, possibilitando a construção e difusão de protocolos bem definidos de restauração ecológica em larga escala, essa proposta de pesquisa foi estruturada em cinco módulos, dos quais três relacionados com o desenvolvimento de metodologias de restauração com elevada diversidade regional (Restauração Ecológica), um relacionado com a dinâmica temporal dos processos mantenedores da diversidade vegetal, em ecossistemas de referência (Ecologia da Restauração) e o último relacionado com o monitoramento de áreas restauradas (áreas degradadas e fragmentos florestais restaurados), no sentido de testar bons indicadores de avaliação e de funcionamento de ecossistemas naturais e restaurados (Restauração Ecológica/Ecologia da Restauração) e: (a) testar práticas de manejo de fragmentos florestais remanescentes da propriedade rural, no sentido de potencializar seu papel de conservação e de restauração da biodiversidade remanescente; (b) testar diferentes metodologias de restauração de matas ciliares, considerando inclusive as diferentes larguras da faixa ciliar para cumprimento de suas funções ecológicas, buscando atender a demanda atual de sustentação científica das possíveis alterações do código florestal; (c) testar diferentes metodologias de restauração de áreas marginalizadas da propriedade rural, geralmente de baixa aptidão agrícola, com florestas nativas de produção, dentro do conceito de Reserva Legal, visando o aproveitamento econômico dessas áreas restauradas com espécies madeireiras, medicinais, frutíferas nativas e apícolas, para garantir sua aplicação em larga escala; (d) realizar avaliações repetidas da vegetação em parcelas permanentes alocadas dentro de unidades de conservação, de ecossistemas de referência para os Biomas Mata Atlântica e Cerrado, visando acumular o conhecimento mínimo necessário sobre a dinâmica florestal, para sustentar cientificamente a adequação das ações de restauração, visando garantir a perpetuação das áreas naturais e restauradas; e por fim, (e) testar metodologias de avaliação e de monitoramento das áreas naturais e restauradas, com foco nos processos ecológicos, visando definir indicadores mais pertinentes de sustentabilidade ecológica e viáveis economicamente e definir intervalos de avaliação mais adequados para as diferentes idades de restauração, produzindo protocolos consistentes cientificamente, de avaliação e monitoramento de áreas restauradas.